Показывает ли SIMPER в Вегане процентные различия или сходства, и есть ли способ показать оба? - PullRequest
Новая
       8

Показывает ли SIMPER в Вегане процентные различия или сходства, и есть ли способ показать оба?

0 голосов
/ 18 октября 2018

Сводная функция для простых в веганстве обеспечивает вывод, который выглядит для моих данных следующим образом: 

summary(with(env, simper(species, env$Habitat)))

Contrast: Fringe_Mudflat 
                           average       sd  ratio     ava     avb cumsum
Bairdiella ronchus        0.255035 0.142025 1.7957 48.3333 50.6667 0.4708
Diapterus rhombeus        0.054406 0.086815 0.6267  6.1667  1.8333 0.5712
Stellifer colonensis      0.048659 0.086382 0.5633  5.5000  3.5000 0.6611
Sphoeroides testudineus   0.038510 0.041463 0.9288  0.0000  5.3333 0.7322
Anchovia clupeoides       0.026492 0.026885 0.9854  1.5000  3.6667 0.7811

и из того, что я прочитал, кажется, что эти проценты (среднее и совокупное) показывают процентный вклад вразличие между группами.Однако первый вид явно имеет очень близкие средства в каждой группе (ava и avb), поэтому он действительно выглядит так, будто собирает этот вид из-за его сходства между группами, а не различий.Кто-нибудь знает, является ли это определенным различием или сходством или сочетанием?

Почему «среднее» так отличается от первого «cumsum» и какое из них должно быть представлено в статье?

Есть ли способ отобразить как проценты за сходство, так и за сходство.Я вижу людей, представляющих это в газетах, и я предполагаю, что они получают это от Primer, но я хотел бы сделать это в R.

1 Ответ

0 голосов
/ 22 октября 2018

Кто-нибудь знает, является ли это определенным сходством или сходством или сочетанием?

'vegan :: simper ()' определяется как доля, которую каждый вид вносит в Брей-Кертисрасстояние, как описано в оригинальной статье.

Почему «среднее» так сильно отличается от первого «cumsum» и какое из них должно быть представлено в документе?

Документация здесь не понятна.как указано в оригинальной статье, cumsum указывается в% от общего расстояния.

Обратите внимание, что более простое

очень сильно смешивает среднее значение между групповыми различиями и внутри групповой вариации

, что может быть в случае с вашим набором данных.

...