Я использую упакованную версию smith-waterman из skbio (0.5.4), но у меня есть неожиданная ошибка:
_, Score, _ = local_pairwise_align_ssw (protein_list [idx1], protein_list [idx2], substitution_matrix = blosum62)
Файл "/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment/_pairwise.py", строка 732, в local_pairwise_align_ssw
validate = False)
файл"/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py", строка 785, в __init __
reset_index = minter - Нет, а индекс - Нет)
File "/ anaconda3 / lib/python3.6/site-packages/skbio/alignment /_tabular_msa.py ", строка 1956, в расширении
self._assert_valid_sequence (последовательности)
Файл" /anaconda3/lib/python3.6/site-packages/skbio / alignment /_tabular_msa.py ", строка 2035, в _assert_valid_sequence
% (длина, ожидаемая длина))
ValueError: Длина каждой последовательности должна соответствовать количеству позиций в MSA: 232! = 231
Странно то, что иногда ошибка приложенияколосья с белковой парой 0-10, а другие с 0-116.Так что я не верю, что это ошибка белка.