Как правильно объявить легенду? - PullRequest
Новая
       23

Как правильно объявить легенду?

0 голосов
/ 25 октября 2018

Я пытаюсь построить филогенетическое дерево, но каждый раз, когда я пытаюсь построить его, оно выдает следующую ошибку: 

Error in as.graphicsAnnot(legend) : argument "legend" is missing, with no default

Вот MWE: 

library(ape)
library(phangorn)
tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1);") 
df <- data.frame(L1 = c(0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1), L2 = 
c(0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1),L3 = c(1,1,1,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,1),     
L4=c(0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1)) 
phydat <- as.phyDat(df,type="USER",levels=c(1,0),names=names(df))
anc.tree <- pratchet(phydat) #ratchet search
anc.tree <- optim.parsimony(anc.tree,phydat) #NNI optimization
anc.tree <-root(anc.tree,outgroup = "L1", resolve.root = TRUE) #roots the tree
anc.tree <- acctran(anc.tree,phydat) #adds branch lengths
anc.acctran <- ancestral.pars(anc.tree,phydat, "ACCTRAN")

Следующий вызов plotAnc() выдает ошибку об отсутствующей легенде выше: 

plotAnc(anc.tree,anc.acctran,1)

Я пытался вызвать следующую функцию до plotAnc(): 

legend("bottomright", "foo")

Я все еще получилсообщение об ошибке в легенде.Что я делаю не так?

1 Ответ

0 голосов
/ 25 ноября 2018 
tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1);")

Конечно, у вас есть ошибка в вашем коде (см. Выше).tr <- read.tree (text = "(((L2, L3), L4), L1))" Я не уверен насчет ";"символ, независимо от того, используете ли вы это для обозначения корня. </p>

Я уверен, что проще использовать «Figtree» для построения графика и использовать R для вычисления числа.

...