Нормализация филогенетического дерева в R

Question

При работе с данными филогенетического дерева в R (особенно при работе с объектами "phylo" или "phylo4") было бы полезно нормализовать длину ветвей, чтобы определенные таксоны (те, которые развиваются быстрее) не вносили непропорциональную величинудлины ветки до дерева.Похоже, что это часто встречается при вычислении значений UniFrac, что можно найти в обсуждении здесь: http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp. (однако мне нужно больше, чем просто значения UniFrac).

Однако я не могу найти функциюкоторый выполняет этот шаг нормализации.Я смотрел на обезьяну, пиканте, адефило и филобазу.Может ли кто-нибудь направить меня к пакету, который включает эту функцию, или к пакету, который упрощает написание такого рода функции?

Answer 1

Вы ищете функцию для простого масштабирования длины ветвей дерева?Если это так, compute.brlen() в ape сделает это.Есть встроенные опции для Rho Графена и all = 1. Вы также можете предоставить свою собственную функцию.

Я не знаю, выполняет ли UniFrac какой-либо другой вид масштабирования длины ветви.Но если это так, вы можете написать свою функцию и передать ее.