Я совершенно новичок в биоинформатике, но у меня есть файл данных микрочипа (txt) с предварительно обработанными данными, которые уже преобразованы в журнал 2.Это выглядит примерно так:
ProbeID GSM1843834_BCR_T100_Probe40.CEL GSM1843835_BCR_T101_Probe44.CEL 1007_s_at 6.21000831 6,995858924
1255_g_at 9,335597098 8,343160094 530 * * * * * 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * не может быть, что оно может быть получено;Идентификаторы) и 21 столбец, которые являются группами BCR или CLRT.BCR - от столбцов 2 до 11, а CTRL - от столбцов 12 до 21.
Я пытаюсь провести t-тест и тест на наличие лиммы, чтобы выяснить, есть ли какие-либо существенно разные гены между "BCR" и "CLRT".«группирует и выбирает значимые гены при отсечке BH-FDR. Скорректированное значение p <0,01 и Fold Change> 2 или <-2 (0,5)) </p>
Это мой код, который по какой-либо причине,не будет работать:
pvalue.BCR.CTRL<-apply(preprocessed.data,1,function(x){t.test(x[2:11],x[12:21])$p.value})
Сообщение об ошибке, которое я получаю: Ошибка в if (stderr <10 * .Machine $ double.eps * max (abs (mx), abs (my))) stop («данные по существу постоянны»): пропущенное значение там, где необходимо ИСТИНА / ЛОЖЬ. Дополнительно: Предупреждающие сообщения: 1: в mean.default (x): аргумент не является числовым или логическим: возвращение NA 2: в mean.default (y):Show Traceback </p>
Перезапуск с ошибкой отладки в if (stderr <10 * .Machine $ double.eps * max (abs (mx), abs (my))) stop («данные по существу постоянны»): отсутствуетзначение где требуется ИСТИНА / ЛОЖЬ </p>
Не знаете, что сделать, чтобы это исправить?Я запустил str на моем фрейме данных, и, насколько я могу судить, все столбцы являются числовыми.