Вы говорите, что хотите сшить свое изображение, что подразумевает, что ваша цель состоит в том, чтобы найти, где эти изображения накладываются с определенного канала, но когда вы говорите, монтаж, кажется, что вы действительно хотите сделать, это объединить изображенияв стек или выровнять их в монтаж. Мне кажется, что у вас есть программа, которая выведет какую-то форму стека, которая имеет 200 плоскостей, а затем объединит их вместе или выровняет их как монтаж.
В принципе, вам придется открывать каждое изображение,но их открытие в пакетном режиме и выполнение операций макросом сократит время, не отображая видимое изображение. Невозможно выполнить операции ImageJ / FIJI над изображением, не открывая его, так как это выходит за рамки переименования или удаления файла.
Если вы действительно имели в виду, что хотите их сшить, используйте функцию плагина сшивания для сшивания Grid / Collection и установите перекрытие на ноль. Для этого необходимо, чтобы ваши изображения находились в одной папке, а в вашем случае - разбивать их на отдельные изображения вместо наборов по 200, причем каждый файл помечается возрастающим номером (т.е. file_name_1.tif, file_name_2.tif, где каждое имя_файла одинаковои только номер меняется). Если у вас есть стеки по 200, и вы с удовольствием сохраните их таким образом в созданном монтаже, соглашение об именовании файлов должно быть таким же. Вы должны выбрать опцию Fuse and Display, чтобы получить результирующее изображение. Результатом будет объединенное увеличенное изображение.
Когда вы пытаетесь каким-то образом сшить изображения и накладывать стеки, сценарии команд для запуска в пакетном режиме также будут работать.