Я создал сценарий для прогнозирования распределения фрагментов геномной ДНК, расщепленной рестриктазой. В любом случае, я использую ggplot2 для построения графика распределения этого фрагмента в форме, похожей на гель для электрофореза. Когда я запускаю скрипт, окно предварительного просмотра показывает график правильно. Однако, когда я запускаю скрипт для сохранения файла - я теряю прозрачность и цвет меняется с серого на черный. Любая идея, как сделать экспортированный файл более согласованным с предварительным просмотром?
Код:
F4 <- ggplot(GD, aes(x=GD$V1, y=GD$V2))
+ geom_jitter(width = 0.4, height = 0.01, shape = 15, alpha=0.002, color="grey10")
+ scale_y_continuous(breaks = GDYlab, label = GDYlabID, name=NULL, limits = c(4.5, 9.5))
+ scale_x_continuous(breaks = GDXlab, label = GDXlabID, name=NULL, position = "top")
+ theme(panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.major.x=element_blank(), axis.ticks = element_blank())
F4
ggsave(paste("/Users/franjo/Desktop/",format(Sys.Date(),"%Y.%m.%d.GelDigest"),format(Sys.time(),".at.%H.%M.%S"),".png",sep=""), device = "png", dpi = 320, units="in", width=5, height=5, limitsize = TRUE)
Первое изображение показывает предварительный просмотр. Второй показывает экспорт.
То, что я пытался сделать:
- Экспорт напрямую с помощью quartz.save
- Использование различных типов цветовых обозначений (hex, rgb, имя)
- Использование geom_point с position = "jitter" вместо geom_jitter
- Сохранение в различных типах файлов
