Я анализирую некоторые данные по микробиомам, используя неограниченную ординацию (PCA или NMDS) с последующей подгонкой вектора окружающей среды с помощью функции envfit в веганском пакете. Выходные данные envfit включают значение r2 для каждого вектора или фактора, включенного в модель envfit, но меня интересует общее количество вариаций, объясняемых всеми векторами / факторами, а не только автономными переменными. Я предполагаю, что не могу просто сложить значения R2, присвоенные каждой переменной среды, потому что может быть совпадение в вариации микробиома, которое «объясняется» каждой переменной среды. Однако, похоже, нет никакого способа получить доступ к общему значению r2 для модели.
Используя пример набора данных, это то, что я пробовал до сих пор:
library(vegan)
library(MASS)
data(varespec, varechem)
library(MASS)
ord <- metaMDS(varespec)
fit <- envfit(ord, varechem, perm = 999)
fit
Это показывает r2 для каждой переменной среды, но как мне извлечь значение r2 для всей модели?
Я попытался запустить fit $ r, атрибуты (fit) $ r и Rsquare.Adj (fit), но все они возвращают NULL.