Можно ли извлечь полную информацию Pfam в швейцарском формате? - PullRequest
0 голосов
/ 19 октября 2019
from Bio import SeqIO

for record in SeqIO.parse(sys.stdin, 'swiss'):
    for ref in record.dbxrefs:
        print(ref)
        if ref.startswith('Pfam:'):
            print('\t'.join((record.id, ref[5:])))

Приведенный выше код не может извлекать такие вещи, как fn3 и 2. Есть ли способ извлечь такую ​​информацию с помощью биопиона? Спасибо.

...
DR   Pfam; PF00041; fn3; 2.
DR   Pfam; PF07679; I-set; 3.
...
...