from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse(sys.stdin, 'swiss'):
for ref in record.dbxrefs:
print(ref)
if ref.startswith('Pfam:'):
print('\t'.join((record.id, ref[5:])))
Приведенный выше код не может извлекать такие вещи, как fn3
и 2
. Есть ли способ извлечь такую информацию с помощью биопиона? Спасибо.
...
DR Pfam; PF00041; fn3; 2.
DR Pfam; PF07679; I-set; 3.
...