MeshLab использует реализацию PoissonRecon, которая находится здесь: https://github.com/mkazhdan/PoissonRecon
То, что вы видите, связано с граничным условием по умолчанию, используемым алгоритмом, которое является граничным условием Неймана. К сожалению, MeshLab не позволяет вам изменять, какое граничное условие используется для решателя Пуассона. Если вы компилируете фактический исходный код, вы можете указать граничное условие Дирихле в качестве аргумента командной строки, которое не позволит вам иметь такую большую открытую поверхность.
Если у вас есть проблемы с отсоединенными деталями, вы можете использовать программу SurfaceTrimmer из того же репо.