RStudio «Отсутствующие переменные группировки» и «Позитивные индексы столбцов» Ошибка при попытке сделать PERMANOVA - PullRequest
Новая
       17

RStudio «Отсутствующие переменные группировки» и «Позитивные индексы столбцов» Ошибка при попытке сделать PERMANOVA

0 голосов
/ 27 октября 2019

При попытке выполнить тест PERMANOVA на некоторых данных для домашней работы по статистике я получаю одни и те же сообщения об ошибках и не уверен, что они означают / как их разрешить.

Добавление отсутствующих переменных группировки: Site Ошибка: положительные индексы столбцов в [ должны соответствовать количеству столбцов: * .data имеет 3 столбца * Позиция 4 равна 4 

pots<-read.csv("http://www.nathanielwoodward.com/Pottery.csv")
install.packages("vegan")
library(vegan)
dists<-pots%>% select(Al,Fe)%>%dist()
SST<-sum(dists^2)/26
SSW<-pots%>%group_by(Site)%>%select(Al,Fe)%>%do(d=dist(.[3:4], "euclidean"))%>%ungroup()%>%
  summarize(sum(d[[1]]^2)/14 + sum(d[[2]]^2)/2+sum(d[[3]]^2)/5 +sum(d[[4]]^2)/5)%>%pull
F_obs1<-((SST-SSW)/2)/(SSW/22)
Fs1<-replicate(1000,{
  new<-pots%>%mutate(Site=sample(Site))
SSW<-new%>%group_by(Site)%>%select(Al,Fe)%>%do(d=dist(.[3:4],"euclidean"))%>%ungroup()%>%
  summarize(sum(d[[1]]^2)/14 + sum(d[[2]]^2)/2+sum(d[[3]]^2)/5 +sum(d[[4]]^2)/5)%>%pull
((SST-SSW)/2)/(SSW/26)
  })
...