Как конвертировать dds в DGEList для анализа kegga () в R? - PullRequest
Новая
       14

Как конвертировать dds в DGEList для анализа kegga () в R?

0 голосов
/ 04 ноября 2019

Отказ от ответственности: я очень новичок в R!

У меня есть некоторые данные дифференциального выражения из эксперимента RNAseq, и я пытаюсь использовать kegga(), чтобы посмотреть на регулирование вверх и вниз вразные пути.

Я использовал DESeq2 для моего дифференциального выражения, и мне нужно преобразовать мой dds объект в DGEList для использования в качестве аргумента для kegga(), но он не работает. 

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = sampleInfo, design = ~ groups)
dge <- as.DGEList(dds)

Он просто возвращает:

Ошибка в as.DGEList (dds): не удалось найти функцию "as.DGEList"

AnyoneЗнать, что делать? Я определенно установил и загрузил DESeq2 и edgeR и т. Д.

1 Ответ

0 голосов
/ 04 ноября 2019

Наиболее распространенная причина вашей первой ошибки - то, что пакет не загружен. Если вы установили DEFormats, загрузите его с помощью library (), в противном случае установите его из Bioconductor, а затем загрузите.

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEFormats.html

Чтобы продолжить анализ, вам необходимо выполнить некоторыеэтапы предварительной обработки затем вычисляют гены DE. 

design <- model.matrix(~ groups)

dge <- as.DGEList(dds)
dge <- calcNormFactors(dge)
dge <- estimateDisp(dge, design, robust=TRUE)
fit_dge <- glmQLFit(dge, design, robust=TRUE)

# change names below to specify the groups you want to compare 
my_contrast <- makeContrasts(genotypeN2-genotypeVC222, levels=design)
de_result <- glmQLFTest(fit_dge, contrast=my_contrast)
topTags(de_result)
keg <- kegga(de_result, species="Mm")

Вы также можете взглянуть на пакет ClusterProfiler, это действительно хороший интерфейс для создания аннотаций пути с использованием нескольких онтологий, и он имеет довольно простую реализацию, независимо от того, 'повторное использование DEseq, edgeR и т. д.

...