Проблема с установкой org.Hs.eg.db с использованием BiocManager :: install в R studio 1.2.1335 и macOS Sierra 10.12.6 - PullRequest
0 голосов
/ 08 апреля 2020

Здравствуйте, я пытаюсь сделать Исследовательский анализ в R части I (курс Coursera). Я использую RStudio версии 1.2.1335 в macOS Sierra версии 10.12.6.

У меня проблемы с установкой пакета "org.HS.eg.db", когда я печатаю: BiocManager :: install ("org .Hs.eg.db ")

, когда он пытается установить" org.Hs.eg.db ", я получаю в консоли:

установка исходного пакета 'org.Hs.eg .db 'try URL' https://bioconductor.org/packages/3.9/data/annotation/src/contrib/org.Hs.eg.db_3.8.2.tar.gz 'Тип контента' application / x-gzip 'длина 74892843 байт (71,4 МБ) =================== ================================ скачал 71,4 МБ * установка * пакет * source * org.Hs.eg.db ' ... ** с помощью поэтапной установки ** R ** inst ** byte-compile и подготовка пакета для отложенной загрузки ** help *** установка индексов справки ** создание индексов пакетов ** проверка возможности загрузки установленного пакета из временной расположение ** тестирование, если установленный пакет может быть загружен из окончательного местоположения ** тестирование, если установленный пакет хранит запись временного пути установки * DONE (org.Hs.eg.db) Загруженные исходные пакеты находятся в папках '/ private / var / / l6 / kbsz4n314tdfcxphnmnj7nr80000gn / T / Rtmpb14l6K / download_packages '

Когда я позже попробую запустить: chr = AnnotationDbi :: select (org.Hs.eg.db, keys = aeid, keytype = "ENSEMBL", columns «CHR»)

Я получаю в консоли: Ошибка в AnnotationDbi :: select (org.Hs.eg.db, keys = aeid, keytype = "ENSEMBL",: object 'org.Hs.eg. db 'not found

Спасибо за попытку помочь мне!

...