BiocCheck () для отправки пакета Bioconductor, не показывает ЛИНИИ с ошибкой / Предупрежд. / Примечания

Question

Я использую BiocCheck («myPackage»), в результатах комментируется, сколько мест существует проблема, но не комментируется, где проблема. Есть ли способ это исправить?

BiocCheck("myPackage")

$error
character(0)

$warning
[1] "The following files are over 5MB in size: '.git/objects/pack/pack-3eae63a6b24d5861178a09b58eb0ec4d893242b0.pack'"

$note
[1] " Avoid sapply(); use vapply()"                                                                                                                                                     
[2] "Recommended function length <= 50 lines."                                                                                                                                          
[3] "Consider shorter lines; 103 lines (3%) are > 80 characters long."                                                                                                                  
[4] "Consider multiples of 4 spaces for line indents, 1258 lines(32%) are not."                                                                                                         
[5] "Cannot determine whether maintainer is subscribed to the bioc-devel\nmailing list (requires admin credentials).  Subscribe here:\nhttps://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel"

Answer 1

Нашел ответ:

BiocCheck:::checkFormatting("myPackage", nlines=Inf)

Отлично работает и показывает все строки с проблемами.