Seurat интеграция двух наборов данных - GSE126783 - PullRequest
Новая
       19

Seurat интеграция двух наборов данных - GSE126783

0 голосов
/ 08 февраля 2020

Я следую интегрированному анализу учебника Seurat с использованием двух наборов данных ( GSE126783 : контроль против дегенерации сетчатки). Не могли бы вы дать мне знать, как создать «object.list» для функции «FindIntegrationAnchors»? 

## SETUP THE SEURAT OBJECT
# Load the PBMC dataset
ctrl.data <- Read10X(data.dir = ".../GEO/GSE126783/GSE126783_RAW/ctrl")
LD.data <- Read10X(data.dir = ".../GEO/GSE126783/GSE126783_RAW/LD")

# Initialize the Seurat object with the raw 
ctrl <- CreateSeuratObject(counts = ctrl.data, project = "O'Koren", 
          min.cells = 3, min.features = 200)
LD <- CreateSeuratObject(counts = LD.data, project = "O'Koren", 
          min.cells = 3, min.features = 200)

## NORMALIZING THE DATA
ctrl <- NormalizeData(ctrl, normalization.method = "LogNormalize", scale.factor = 10000)
LD <- NormalizeData(LD, normalization.method = "LogNormalize", scale.factor = 10000)

## IDENTIFICATION OF HIGHLY VARIABLE FEATURES (FEATURE SELECTION)
ctrl <- FindVariableFeatures(ctrl, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
LD <- FindVariableFeatures(LD, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)

## PERFORM INTEGRATION ???

Ниже приведен код в Seurat tutorial . Я буду очень признателен, если вы поможете мне пересмотреть код для анализа. 

data("ifnb")
ifnb.list <- SplitObject(ifnb, split.by = "stim")

ifnb.list <- lapply(X = ifnb.list, FUN = function(x) {
    x <- NormalizeData(x)
    x <- FindVariableFeatures(x, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
})

immune.anchors <- FindIntegrationAnchors(object.list = ifnb.list, dims = 1:20)
immune.combined <- IntegrateData(anchorset = immune.anchors, dims = 1:20)
...