Я использую AWS, поэтому аппаратное обеспечение не должно быть проблемой. Я попробовал эти две команды --sjdbGTFfile /home/ubuntu/workspace/rnaseq/refs/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf --limitGenomeGenerateRAM 124544990592
Возвращает std :: bad_allo c
STAR - STAR - genomeGenerate --genomeFastaFiles /home/ubuntu/workspace/rnaseq/fastafiles/SRR6419908.fasta --sjdbGTFfile /home/ubuntu/workspace/rnaseq/refs/Homo_sapiens.GRCh38.99.gt450 тоже плохо bad_allo c
/ workspace / rnaseq $ STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir genomeindex --genomeFastaFiles /home/ubuntu/workspace/rnaseq/refs/Homo_sapiens.GRCh88.dna.fa. -sjdbGTFfile /home/ubuntu/workspace/rnaseq/refs/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf
Возвращает выход из-за ошибки ввода, которая не имеет смысла для меня
Квест ion:
Должен ли я ссылаться на «genomeFastaFiles» на эталонный геном из ensembl или мои образцы файлов fasta?
Как исправить ошибки?
Может кто-нибудь помочь мне с тем, как я должен выполнить код?
Большое вам спасибо