Учебник по ViSEA GO: визуализация объекта top GO - PullRequest
Новая
       18

Учебник по ViSEA GO: визуализация объекта top GO

0 голосов
/ 08 января 2020

Ранее я опубликовал вопрос и смог успешно загрузить свои данные и создать топовый объект GO после некоторой помощи. Я пытаюсь визуализировать GO термины, которые в значительной степени связаны со списком дифференциально экспрессируемых генов, который я имею из данных RNA-seq мыши.

Теперь я хотел бы поднять вопрос о ViSEA GO учебник . Учебник изначально определяет загрузку двух файлов: selection.txt и background.txt. Происхождение этих файлов четко не указано. Однако после долгих поисков документации top GO я смог найти типы данных для каждого из файлов. Но даже после их выполнения у меня проблема с запуском следующего кода. У кого-нибудь есть идеи, которыми можно поделиться?

РАБОЧИЙ КОД: 

mysampleGOdata <- new("topGOdata",
                      description = "my Simple session",
                      ontology = "BP",
                      allGenes = geneList_new,
                      nodeSize = 1,
                      annot = annFUN.org,
                      mapping="org.Mm.eg.db", 
                      ID = "SYMBOL")

resultFisher <- runTest(mysampleGOdata, algorithm = "classic", statistic = "fisher")

head(GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher),20)

myNewBP<-GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher)

ПРОБЛЕМЫ: 

> head(myNewBP,2)
       GO.ID                      Term Annotated Significant Expected  fisher
1 GO:0006006 glucose metabolic process       194          12     0.19 1.0e-19
2 GO:0019318  hexose metabolic process       223          12     0.22 5.7e-19

> ###################
> # merge results
> myBP_sResults<-ViSEAGO::merge_enrich_terms(
+   Input=list(
+     condition=c("mysampleGOdata","resultFisher")
+   )
+ )
Error in setnames(x, value) : 
  Can't assign 3 names to a 2 column data.table
> myNewBP<-GenTable(mysampleGOdata,fisher=resultFisher)
> ###################
> # display the merged table
> ViSEAGO::show_table(myNewBP)
Error in ViSEAGO::show_table(myNewBP) : 
  object must be enrich_GO_terms, GO_SS, or GO_clusters class objects

Согласно учебному пособию, печатная таблица содержит для каждого обогащенного GO термины, дополнительные столбцы, включающие список значимых генов и частоту (отношение количества значимых генов к количеству фоновых генов), оцениваемые путем сравнения. Я думаю, что у меня есть это, но это определенно не работает.

Кто-нибудь может понять почему? Я не очень ясно об этом. Спасибо!

...