ggtree: geom_hilight в обратной оси X - PullRequest
Новая
       13

ggtree: geom_hilight в обратной оси X

0 голосов
/ 10 января 2020

Я создаю сюжет с двумя филогенетическими деревьями c лицом к лицу со связанными кончиками (рис. 3, ссылка ниже), и у меня возникают проблемы с выделением интересующих сторон на обратной оси абсцисс. Geom_hilight отлично работает для отдельных деревьев (ссылки на рис. 1 и 2 ниже), но мне не удалось заставить его работать, когда ось перевернута. Кто-нибудь знает, как решить эту проблему?

Другая проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что когда я добавляю метки подсказок в окончательный график (с деревьями лицом к лицу и соединительными линиями), график становится беспорядочным, поскольку метки находятся за чертой. Можно ли как-нибудь сделать так, чтобы строки начинались в конце меток, а не в ответвлении?

Вот фрагмент кода, с которым я работаю: 

p1 <- ggtree(x_2) + ggtitle("ML") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.25)) +
  geom_hilight(node=113, fill="steelblue", alpha=.6) +
  geom_hilight(node=116, fill="yellow", alpha=.6) +
  geom_hilight(node=154, fill="green", alpha=.6)
p2 <- ggtree(y_2) + ggtitle("BI") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.25)) +
  geom_hilight(node=190, fill="steelblue", alpha=.6) +
  geom_hilight(node=112, fill="yellow", alpha=.6) +
  geom_hilight(node=142, fill="green", alpha=.6)

# create tibbles from $data
d1 <- p1$data
d2 <- p2$data

# reverse x-axis and set offset to make the tree in the right hand side of the first tree
d2$x <- max(d2$x) - d2$x + max(d1$x) + 1

pp <- p1 +  geom_tree(data=d2) + labs(title = "ML vs BI", caption="Programs used to generate the 
trees: RaxML and MrBayes")

dd <- bind_rows(d1, d2) %>%     # bind multiple data frames by row and column
  filter(!is.na(label))                   # 'filter' return rows with matching conditions, in this case the 'labels' (tip labels)

pp + geom_line(aes(x, y, group=label), data=dd, color='grey')

Спасибо Вы!

Рис. 1: https://www.dropbox.com/s/8xnv0m4d0n58wx4/Fig.1-BI.pdf?dl=0

Рис. 2: https://www.dropbox.com/s/mi5q7401rlgxaxw/Fig.2-ML.pdf?dl=0

Рис. 3: https://www.dropbox.com/s/kr0te3x2spbrcue/Fig.3.jpg?dl=0

...