Установка ProStaR на Mac - PullRequest
Новая
       25

Установка ProStaR на Mac

0 голосов
/ 15 апреля 2020

Я пытаюсь установить пакеты ProStaR и DAPAR с Rstudio (версия R 3.6.3). Следуя инструкциям из инструкции по эксплуатации (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DAPAR/inst/doc/Prostar_UserManual.pdf) после выполнения следующего кода: 

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version='3.10')

BiocManager::install("DAPAR")
BiocManager::install("Prostar")


library(Prostar)
Prostar()

Я получаю следующие сообщения об ошибках: 

>library(Prostar)
Error: package or namespace load failed for ‘Prostar’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'shiny', details:
  call: NULL
  error: invalid version specification ‘1,5’
> Prostar()
Error in Prostar() : could not find function "Prostar"

Когда при попытке отдельно установить блестящий пакет: 

install.packages("shiny")
library("shiny")

Я получаю то же сообщение об ошибке: 

Error: package or namespace load failed for ‘shiny’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'shiny', details:
  call: NULL
  error: invalid version specification ‘1,5’

Я должен упомянуть, что я пока не очень знаком с R. Любая помощь будет принята с благодарностью.

1 Ответ

0 голосов
/ 15 апреля 2020

Вы не включили версии нескольких элементов в вашу настройку, поэтому возможно, что это происходит из-за несовпадения компонентов (а не из-за моего первоначального предположения, что это произошло из-за поврежденного пакета из любого используемого зеркала.) Мне нужно было обновить до R 3.6.3, чтобы соответствовать этому аспекту вашей установки и в процессе, отметил, что пользователям ОС Catalina нужна другая версия R. Я нахожусь на Мохаве, поэтому моя версия теперь производит это при запуске: 

R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

Затем мне нужно было обновить установку BioConductor, которая была довольно быстрой, но установка пакета DAPAR занимает много времени из-за обширного списка зависимостей, некоторые из которых имеют неудовлетворенные зависимости, что требовало повторных попыток завершить процесс. Затем установка пакета Prostar имела еще одну группу неудовлетворенных зависимостей. После окончательной установки всех неудовлетворенных зависимостей я не могу воспроизвести ошибку, поэтому думаю, что вам, вероятно, следует использовать другой репозиторий. Сначала я предлагаю сделать что-то вроде: 

options(repos = "https://cloud.r-project.org/")

Или выберите эту спецификацию зеркала на панели настройки Rstudio. Затем сделайте еще одну попытку.

Полагаю, возможно, что эта проблема возникает из-за несоответствия версий компиляторов. Страница CRAN для MacOS говорит, что нужен Clang 7. В моей настройке я получаю это (в окне терминала) 

Comutername:~ myusername$ clang --version
Apple clang version 11.0.0 (clang-1100.0.33.12)
Target: x86_64-apple-darwin18.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

И для gfortran я получаю: 

GNU Fortran (GCC) 4.2.3
Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.

Я сделал все установки пакета R из интерфейса R.app, поэтому я полагаю, что для объяснения этого потребуется некоторая погрешность в процессе установки пакета Rstudio. Очевидно, что все системные установки, такие как clang и gfortran (и, вероятно, PROJ и другие ГИС-пакеты), должны выполняться из командной строки терминала. Иногда все эти установки безопаснее выполнять с минимального интерфейса, возможно даже с R, запущенного в окне терминала. В целом мне повезло с R.app (более 12 лет) и менее последовательные результаты с Rstudio.

...