Rdkit: MaeMolSupplier NameError - PullRequest
       27

Rdkit: MaeMolSupplier NameError

0 голосов
/ 25 марта 2020

Я бы хотел получить информацию о молекуле в формате ".mae". Я импортировал функции rdkit.Chem.rdmolfiles, и, похоже, он работает для MolFromSmiles, но не для MaeMolSupplier, как предлагается в документации 2019 года. Вместо этого я получаю NameError. Любая помощь / помощь в вызове этой функции будет принята с благодарностью.

Работает нормально с MolFromSmiles

import rdkit
from rdkit.Chem.rdmolfiles import *

mol = MolFromSmiles('C1NCN1')
print(mol)

(my-rdkit-env) [Me]$ python3 testrdkit.py 
<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x7f237f917030>

Теперь, чтобы показать ошибку

import rdkit
from rdkit.Chem.rdmolfiles import *
suppl = MaeMolSupplier(file('five.mae'))
print(suppl)

my-rdkit-env) [Me]$ python3 testrdkit.py 
Traceback (most recent call last):
  File "testrdkit.py", line 8, in <module>
    suppl = MaeMolSupplier(file('five.mae'))
NameError: name 'MaeMolSupplier' is not defined

1 Ответ

0 голосов
/ 25 марта 2020

import * здесь также не работает.

Просто импортируйте rdmolfiles.

from rdkit.Chem import rdmolfiles
suppl = rdmolfiles.MaeMolSupplier('five.mae')
print(suppl)
<rdkit.Chem.rdmolfiles.MaeMolSupplier object at 0x000002792CEFC5B0>
...