Как исправить функцию "sleuth_prep" в пакете sleuth? - PullRequest
Новая
       24

Как исправить функцию "sleuth_prep" в пакете sleuth?

0 голосов
/ 19 апреля 2020

Я работаю с пакетом Sleuth в R studio, чтобы провести анализ. Я собрал фреймы / векторы данных в соответствии с этой документацией (ссылка: https://www.rdocumentation.org/packages/sleuth/versions/0.27.3/topics/sleuth_prep). Ниже приведены примеры из каждого необходимого вектора / фрейма данных. 

head(kal_dirs)
                                         WT_Amputated_0hr.1 
 "C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_0hr.1" 
                                         WT_Amputated_0hr.2 
 "C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_0hr.2" 
                                         WT_Amputated_0hr.3 
 "C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_0hr.3" 
                                         WT_Amputated_0hr.4 
 "C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_0hr.4" 
                                        WT_Amputated_12hr.1 
"C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_12hr.1" 
                                        WT_Amputated_12hr.4 
"C:/Users/maron/kallisto_regen/Results/WT_Amputated_12hr.4" 

head(meta_data)
               sample      condition
1  WT_Amputated_0hr.1  Amputated_0hr
2  WT_Amputated_0hr.2  Amputated_0hr
3  WT_Amputated_0hr.3  Amputated_0hr
4  WT_Amputated_0hr.4  Amputated_0hr
5 WT_Amputated_12hr.1 Amputated_12hr
6 WT_Amputated_12hr.4 Amputated_12hr

head(target)
                                           target_id
1       SMED30000001|AsxlWT_comp61009_c0_seq1|AsxlWT
2 SMED30000002|Sxlembryo_comp66113_c0_seq1|Sxlembryo
3             SMED30000003|berlin_isotig20075|Berlin
4       SMED30000004|AsxlWT_comp33540_c0_seq1|AsxlWT
5         SMED30000005|SxlWT_comp19926_c0_seq1|SxlWT
6       SMED30000006|AsxlX1_comp80119_c0_seq3|AsxlX1

Когда я делаю это, я впервые получаю эту ошибку: 

Error in sleuth_prep(kal_dirs, meta_data, ~condition, target_mapping = target) : 
  'kal_dirs' (sample_to_covariates) must be a data.frame

, что мне кажется неверным, потому что согласно документации это должен быть символьный вектор, а не фрейм данных. Кроме того, первый аргумент должен быть kal_dirs, а не sample_to_covariates. Я изменил его на запрошенный тип независимо, а затем получил. 

Error in sleuth_prep(kal_dirs, meta_data, ~condition, target_mapping = target) : 
  'meta_data' (full_model) must be a formula or a matrix

Опять он думает, что второй аргумент должен быть формулой, но предполагается, что sample_to_covariates. Однако еще раз я изменил его на запрошенный формат и получил эту ошибку. 

Error in t(design_matrix) %*% design_matrix : 
  requires numeric/complex matrix/vector arguments

Как и ожидалось, это не работает, что я подозреваю, потому что я передаю данные, которые он запрашивает, но это не так не содержит то, что он хочет запустить функцию. Вы знаете, почему сыщик будет сдвигать аргументы? Есть ли новая документация, которую я не вижу. Я пишу следующее. 

so <- sleuth_prep(kal_dirs, meta_data, ~ condition, target_mapping = target)
...