Простите за путаницу, но я не могу понять, как правильно использовать циклизацию для рисования гистограммы. Я хочу нарисовать гистограмму для одной из его дорожек и хотел бы использовать счетчики моего чтения для оси Y, и х должен быть позицией генома c, какой бы широкой или узкой она ни была. Синтаксис однако:
circos.trackHist(factors, x, ....)
Я предполагаю, что могу написать:
circos.trackHist(factors = mydataframe$reads, x = x)
, который не работает, хотя. Как я должен подразумевать, что мой x должен иметь номер хромосомы, информацию о начале и конце позиции, при этом высота корзины равна no. чтений для каждой строки?
Вот так выглядит мой файл: head (dataframe)
Chrom Start End Reads
1 chr1 42938268 42938392 2
2 chr1 63224349 63225050 2
3 chr1 71646172 71646228 2
4 chr1 72904979 72905055 2
5 chr1 138065763 138065817 2
6 chr1 164635940 164635994 2