Цирковой сюжет / Chord diagrem с использованием R- создают связи между общими последовательностями - PullRequest
Новая
       40

Цирковой сюжет / Chord diagrem с использованием R- создают связи между общими последовательностями

0 голосов
/ 31 марта 2020

У меня в голове есть заговор, который я пытаюсь создать неделями, но я чувствую, что это так сложно, и я не знаю, возможно ли это. поэтому мои данные выглядят так (этот пример является лишь его частью): 

> my_df
# A tibble: 13 x 3
   CDR3                                                      frequency Compartment
   <chr>                                                         <dbl> <chr>      
 1 TGTACAAGATCTGGAACTGGGTTTGACTACTGG                           7.26e-5 DLN        
 2 TGTACAAGATCTGGAACTGGGTTTGACTACTGG                           5.07e-1 Tumor      
 3 TGTGCAAGAGAGGGGTTACGGGGTGCTTACTGG                           9.11e-5 DLN        
 4 TGTGCAAGAGAGGGGTTACGGGGTGCTTACTGG                           1.83e-1 Tumor      
 5 TGTGCACGAGATTACTACGGTAGTAGCTACTGGTACTTCGATGTCTGG            9.72e-2 Tumor      
 6 TGTGCACGAGATTACTACGGTAGTAGCTACTGGTACTTCGATGTCTGG            9.19e-6 Blood      
 7 TGTGCAAGACATGGTTACGACTATGCTATGGACTACTGG                     2.90e-2 Tumor      
 8 TGTGCCAGAGATAGGGCTACGGTCCCCTGGTTTGCTTACTGG                  2.81e-2 Tumor      
 9 TGTGCAAGACATTACTACGGTAGTAGCTACTACTTTGACTACTGG               9.11e-3 Tumor      
10 TGTGCAAGACATTACTACGGTAGTAGCTACTACTTTGACTACTGG               1.62e-3 non-DLN    
11 TGTGCAAGAGAGGACTATGGTAACTACGAGGATTGTTACTATGCTATGGACTACTGG   2.24e-3 Tumor      
12 TGTTCCTATGGTAACTACGGCTTTGCTTACTGG                           1.88e-3 Tumor      
13 TGTTCCTATGGTAACTACGGCTTTGCTTACTGG                           2.60e-4 Blood

Я хочу создать цирковой сюжет, как на этом снимке (перерисовано из Lavinder, J. et.al. PNAS (2014) ): enter image description here

Каждое отделение представляет собой область на графике, и в каждом регионе у нас есть несколько последовательностей. Ссылки соединяют все последовательности в опухоли, которые имеют идентичные последовательности в других отсеках. Более того, в каждом регионе у нас есть тепловая карта, которая упорядочивает последовательности в этом отсеке по частоте.

Я знаю, что многое нужно обработать, но любой намек будет полезен !! Спасибо.

...