Ошибки RCircos: Предупреждающее сообщение: В файле данных (файле) не найден файл набора данных и аргумент non-Numberri c для бинарного оператора - PullRequest
Новая
       37

Ошибки RCircos: Предупреждающее сообщение: В файле данных (файле) не найден файл набора данных и аргумент non-Numberri c для бинарного оператора

0 голосов
/ 31 марта 2020

Вот код, который я использовал. Я получаю две разные ошибки с ним. Будучи новичком в R, я уверен, что совершаю очевидную ошибку, я просто ради жизни не могу понять, где. Я намерен добавить 2 трека к идеограмме мыши, используя мои файлы .csv, которые имеют chr #, chrstart, chrstop, name, no. из читает и нить информации в виде столбцов. Я пытаюсь построить гистограмму, используя нет. читает в каждой позиции генома c. Мои файлы .csv видны в окружающей среде и правильно отображаются, когда я делаю head (). Я также пытался импортировать их, которые тоже не работали.

Кроме того, я получаю следующую ошибку:

data (nohc_control) 

**Warning message:
In data(nohc_control) : data set ‘nohc_control’ not found**
> data.col <- 5;
> track.num <- 1;
> side <- "in";
> RCircos.Histogram.Plot(nohc_control, track.num, side);
**Error in track.num - 1 : non-numeric argument to binary operator**
**In addition: Warning message:
In if (side == "in") { :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used**

Вот полный код. Любая помощь приветствуется. 

install.packages("RCircos")

library(RCircos)

nohc_control <- read.table("A:/A/circRNAs/nohc_control.csv", header = FALSE, sep = ",", stringsAsFactors = FALSE)
nohc_gen <- read.table("A:/A/circRNAs/nohc_gen.csv", header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)

data(UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram)

chr.exclude <- NULL;
cyto.info <- UCSC.Mouse.GRCm38.CytoBandIdeogram;
tracks.inside <- 2;
tracks.outside <- 0;
RCircos.Set.Core.Componentscyto.info, chr.exclude,tracks.inside, tracks.outside);

out.file <- "haircell_circ_mm3.pdf";
pdf(file=out.file, height=8, width=8);
RCircos.Set.Plot.Area();

par(mai=c(0.25, 0.25, 0.25, 0.25));
plot.new();
plot.window(c(-2.5,2.5), c(-2.5, 2.5));

RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot();

data(nohc_control)
data.col <- 5;
track.num <- 1;
side <- "in";
RCircos.Histogram.Plot(nohc_control, track.num, side);

data(nohc_gen)
data.col <- 5
track.num <- 2;
side <- "in";
RCircos.Histogram.Plot(nohc_gen, track.num, side);
...