Я подумываю о портировании своего трубопровода на создание змей. Мне нужно вычислить множество вещей на AWS. Snakemake делает это через тибанну.
Задачи, выполняемые конвейерами, обычно бывают комковатыми. Разделение fastq использует много диска, но не так много памяти или процессора. Другие задачи требуют много памяти. Итак, вы хотите иметь возможность определить несколько конфигураций типа и размера AWS соответствующего диска.
В этом связанном потоке Артем Лихтенштейн спрашивает, как настроить узел AWS.
Snakemake - поддержка конфигурации Tibanna
В этом посте показано, что --tibanna-config можно использовать для определения одной конфигурации.
https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cli.html#TIBANNA
Можно ли определить это для каждого правила?
Обновление: Я думал типа aws как явный параметр для тибанны. Возможно ли это получить из раздела ресурсов правил?
https://github.com/kern3020/snakemake/blob/master/snakemake/executors.py#L1903
-jk