Я пытаюсь создать кривые разрежения для моих данных, но мои редмакс и Srare равны нулю, а rarecurve не создает никакой кривой. У меня 36 переменных и 52 переменных, я пытаюсь оценить потенциальную недооценку видового богатства из-за малого размера выборки. Я думаю, что так как рестримакс равен нулю, это не создаст никакой кривой. Спасибо
Это мой код:
library(vegan)
Moo<-read.csv("data.csv", strip.white=T)
#total number of species at each site (row of data)
S <- specnumber(Moo)
S
[1] 6 9 3 6 12 3 10 5 3 6 6 8 4 12 3 2 5 0 3 4 4 5 3 10 7 1 3 11 11
[30] 4 4 3 5 4 2 5
# Number of INDIVIDUALS per site
raremax <- min(rowSums(Moo))
raremax
[1] 0
Srare <- rarefy(Moo, raremax)
Srare
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0
attr(,"Subsample")
[1] 0
#Plot rarefaction results
par(mfrow = c(1,2))
plot(S, Srare, xlab = "Observed No. of Species",
ylab = "Rarefied No. of Species",
main = " plot(rarefy(Moo, raremax))")
abline(0, 1)
rarecurve(Moo, step = 20,
sample = raremax,
col = "blue",
cex = 0.6,
main = "rarecurve()")
'> head(Moo)
Trapezia.aereolata Trapezia.globosa Trapezia.formosa Trapezia.lutea Trapezia.punctimanus
1 0 0 0 5 0
2 0 0 0 5 0
3 0 0 0 4 0
4 0 0 0 8 0
5 0 0 0 6 0
6 0 0 0 2 0
Trapezia.septata Trapezia.serenei Trapezia.tigrina Alpheus.lottini Alpheus.sp..White
1 0 0 0 4 0
2 0 0 0 4 0
3 0 0 0 0 0
4 0 0 0 2 0
5 0 0 0 4 0
6 0 0 0 1 0
Acanthanas.sp. Ophiuroids Ophiocoma.erinaceous Ophiocoma.sp Ophiactis.sp.
1 0 3 0 0 0
2 0 1 0 0 0
3 0 0 0 0 0
4 0 1 0 0 0
5 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0
Echinometra.sp. Chlamys.sp. Conus.sp. Psaumis.cavipes Tiarina.sp. Calcinus.sp.
1 0 0 0 1 1 0
2 0 0 0 0 0 2
3 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0
Harpiliopsis.sp. Jocaste.sp. Pilodius.pugil Pilodius.sp. Coralliocaris Chrysopetalum.Sp.
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 1 2 2
3 0 0 0 1 0 0
4 0 0 0 0 2 0
5 0 0 0 0 2 1
6 0 0 0 0 0 0
Menathius.sp. Chlorodiella.nigra Chlorodiella.sp. Synalpheus.sp. Labrid..wrasse.
1 0 0 0 0 0
2 1 1 0 0 0
3 0 0 0 2 0
4 0 0 0 0 1
5 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0
Liomera.cinctimana Domecia.hispida Domecia Eviota.Sp. Paguris.sp. Palaemonidae Majiidae
1 0 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0 0
4 1 0 0 0 0 0 0
5 0 0 1 1 1 1 0
6 0 0 0 0 0 0 0
Cerithium.litteratum Cerithium.sp. Granulina..margaritula. Coralliophila.monodonta
1 0 0 0 0
2 0 0 0 0
3 0 0 0 0
4 0 0 0 0
5 1 3 0 0
6 0 0 0 0
Muricidae Tanaeid Unknown.shell. Amphipoda Polychaeta Strombus..marginatus.. Buccinidae
1 0 0 0 1 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0
5 0 1 1 0 0 0 0
6 0 0 0 1 0 0 0
gastropod..glasslike.shell Drupella
1 0 0
2 0 0
3 0 0
4 0 0
5 0 0
6 0 0'