Относится ли это к количеству вложенных коллекций, которое может иметь одна коллекция?
Нет, не относится к числу вложенных -коллекции, которые может иметь одна коллекция, это относится к количеству подколлекций, которые вы можете добавить до 100.
Или это относится к нему так, как сделает путь к файлу длиннее? Например: /collection/document/sub1/document/sub2/document/.../sub100/document?
Да, это правильный подход.
Обратите также внимание, что Firestore так же быстр, как и на уровне 1, также на уровне 100.