Я скачал файл fastq из SRA, и у меня проблемы с чтением его в моем рабочем пространстве. Есть ли другой способ для чтения файлов fastq в R?

Question

fqsample <- readFastq ("/ cloud / project / sra_data.fastq.", Pattern = "fastq") Ошибка: ввод / вывод не найдены входные файлы dirPath: /cloud/project/sra_data.fastq. рисунок: fastq </p>

Answer 1

Похоже, ваш путь или имя файла неверны.

Является ли. в конце вашего имени файла (.fastq.) умышленно или опечатка?

Попробуйте без.:

fqsample <- readFastq("/cloud/project/sra_data.fastq", pattern = "fastq") 

Редактировать

Я только что попробовал функцию readFastq самостоятельно на одном файле. Вам не нужно указывать pattern = "fastq".

Чтобы объяснить это более подробно, вы можете прочитать ваш файл двумя способами:

readFastq("/cloud/project/", pattern = "sra_data.fastq")

Здесь Первый аргумент - это просто путь, а второй - имя файла. Если вы укажете только путь, он прочитает все файлы в каталоге.

или:

readFastq("/cloud/project/sra_data.fastq")

Надеюсь, это поможет.