Добавление переменных векторов в график NMDS в R-Studio - PullRequest
Новая
       8

Добавление переменных векторов в график NMDS в R-Studio

0 голосов
/ 04 апреля 2020

Мне нужно добавить три вектора (соленость, температура и pH) к моему графику NMDS. Вот мой код для моего графика NMDS: 


#make community matrix - extract columns with abundance information
com = pc[,4:ncol(pc)]

#turn abundance data frame into a matrix
m_com = as.matrix(com)

nmds = metaMDS(m_com, distance= "bray")

plot(nmds)

#extract NMDS scores (x and y coordinates)
data.scores = as.data.frame(scores(nmds))

#add columns to data frame 
data.scores$Sample = pc$taxon
data.scores$Station = pc$Station
data.scores$Time = pc$Time
head(data.scores)

library(ggplot2)

xx = ggplot(data.scores, aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + 
  geom_point(size = 7, aes( colour = Time, shape = Station))+ 
  theme(axis.text.y = element_text(colour = "black", size = 10, face = "bold"), 
        axis.text.x = element_text(colour = "black", face = "bold", size = 10), 
        legend.text = element_text(size = 10, face ="bold", colour ="black"), 
        legend.position = "right", axis.title.y = element_text(face = "bold", size = 10), 
        axis.title.x = element_text(face = "bold", size = 10, colour = "black"), 
        legend.title = element_text(size = 10, colour = "black", face = "bold"), 
        panel.background = element_blank(), panel.border = element_rect(colour = "black", fill = NA, size = 1.2),
        legend.key=element_blank()) + 
  labs(x = "NMDS1", colour = "Time", y = "NMDS2", shape = "Station") +
  scale_shape_manual(values = c(15,16,17,18,8)) +
  scale_color_manual(values = c("green", "grey", "black", "mediumblue", "red", "orange"))

plot(xx)

Вот пример таблицы, которую я хотел бы использовать для добавления трех векторов в зависимости от станции. 

Station         Temp    Salinity    pH
S4S1            27.86   6.84        7.83
S5S1            28.92   7.84        7.92
S1S4            25.78   4.09        7.71
S3S4            27.34   4.16        8.36

Любая помощь очень ценится.

...