Я пытаюсь создать NMDS с нанесенными на график видами, но каждый раз, когда я пытаюсь добавить его в свой NMDS с orditorp(BAPI.BCnowater,air = .01, cex =1.5, display = "species", col="grey20")
, я получаю эту ошибку
species scores not available
Error in order(x) : argument 1 is not a vector
Ниже Я включил вызов и str. Я много раз выполнял похожий код с аналогично структурированными данными, и я никогда не сталкивался с этой проблемой.
> BAPI.BCnowater
Call:
metaMDS(comm = BAPI.BCindexnowater, k = 3, trymax = 999, na.rm = TRUE)
global Multidimensional Scaling using monoMDS
Data: BAPI.BCindexnowater
Distance: bray
Dimensions: 3
Stress: 0.07969035
Stress type 1, weak ties
Two convergent solutions found after 20 tries
Scaling: centring, PC rotation
Species: scores missing
> str(BAPI.BCnowater)
List of 35
$ nobj : int 20
$ nfix : int 0
$ ndim : num 3
$ ndis : int 190
$ ngrp : int 1
$ diss : num [1:190] 0.177 0.222 0.256 0.257 0.267 ...
$ iidx : int [1:190] 20 10 5 17 15 4 2 5 4 13 ...
$ jidx : int [1:190] 18 5 2 16 12 2 1 1 1 2 ...
$ xinit : num [1:60] 0.85 0.653 0.951 0.617 0.493 ...
$ istart : int 1
$ isform : int 1
$ ities : int 1
$ iregn : int 1
$ iscal : int 1
$ maxits : int 200
$ sratmx : num 1
$ strmin : num 1e-04
$ sfgrmn : num 1e-07
$ dist : num [1:190] 0.055 0.16 0.1028 0.0758 0.0778 ...
$ dhat : num [1:190] 0.055 0.104 0.104 0.104 0.104 ...
$ points : num [1:20, 1:3] -0.144 -0.0506 -0.316 -0.0977 -0.1014 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : chr [1:20] "IC1" "IC2" "IC3" "IC4" ...
.. ..$ : chr [1:3] "MDS1" "MDS2" "MDS3"
..- attr(*, "centre")= logi TRUE
..- attr(*, "pc")= logi TRUE
..- attr(*, "halfchange")= logi FALSE
..- attr(*, "internalscaling")= num 2.91
$ stress : num 0.0797
$ grstress : num 0.0797
$ iters : int 82
$ icause : int 3
$ call : language metaMDS(comm = BAPI.BCindexnowater, k = 3, trymax = 999, na.rm = TRUE)
$ model : chr "global"
$ distmethod: chr "bray"
$ distcall : chr [1:2] "vegdist(x = BAPImeanvegnowater, method = \"bray\", binary = F, " " na.rm = TRUE)"
$ distance : chr "bray"
$ converged : logi TRUE
$ tries : num 20
$ engine : chr "monoMDS"
$ species : logi NA
$ data : chr "BAPI.BCindexnowater"
- attr(*, "class")= chr [1:2] "metaMDS" "monoMDS"
Ниже приведен набор данных, который я использовал для этого:
Achillea.millefolium
Aira.caryophyllea
Artemisia.californica
Avena.barbata
Baccharis.glutinosa
Baccharis.pilularis
Bromus.carinatus
Bromus.catharticus
Bromus.diandrus
Bromus.hordeaceus
Cardamine.oligosperma
Carduus.pycnocephalus
Cirsium.vulgare
Madia.gracilis
Elymus.triticoides
Ericameria.ericoides
Erigeron.canadensis
Euphorbia.peplus
Festuca.arundinacea
Festuca.muyros
Festuca.bromoides
Festuca.perennis
Geranium.dissectum
Helminthotheca.echioides
Hordeum.brachyantherum
Juncus.bufonis
Lactuca.serriola
Medicago.polymorpha
Mimulus.aurantiacus
Oxalis.pes.caprae
Pseudognaphalium.luteoalbum
Raphanus.sativus
Rumex.crispus
Sidalcea.malviflora
Sonchus.asper
Stipa.pulchra
Vicia.sativa
IC1 0.000000 0.000000 0.0000000 3.8333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 2.5000000 0.0000000 0.000000 28.333333 5.3333333 0.000000 0.000000 0.0000000 2.8333333 0.0000000 0.000000 6.3333333 30.000000 0.0000000 13.333333 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 7.166667 0.0000000 0.0000000 0 1.500000 0.0000000 0.0000000 6.0000000 0.0000000 0.0000000
IC2 0.000000 0.000000 0.0000000 5.1666667 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 3.6666667 2.5000000 0.000000 12.500000 1.8333333 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 3.8333333 47.500000 0.8333333 13.666667 0.3333333 0 0.0000000 0.0000000 10.666667 0.0000000 0.0000000 0 6.500000 0.0000000 0.0000000 0.8333333 0.0000000 0.0000000
IC3 0.000000 0.000000 0.0000000 2.3333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 18.833333 0.0000000 0.000000 5.333333 0.0000000 0.3333333 0.0000000 0.000000 1.0000000 12.000000 0.5000000 58.333333 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 3.000000 0.0000000 0.0000000 0 6.833333 0.0000000 0.0000000 3.6666667 0.0000000 0.0000000
IC4 0.000000 0.000000 0.0000000 6.0000000 0.0000000 0.000000 1.166667 0.000000 0.0000000 3.0000000 0.000000 15.333333 2.8333333 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 29.166667 0.3333333 15.333333 0.0000000 0 0.0000000 0.6666667 35.333333 0.0000000 0.0000000 0 8.500000 0.0000000 0.0000000 5.0000000 0.0000000 0.0000000
IC5 0.000000 0.000000 0.0000000 1.6666667 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 2.0000000 7.3333333 0.000000 18.000000 3.5000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 1.1666667 40.000000 4.6666667 6.000000 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 5.666667 0.0000000 0.0000000 0 13.166667 0.0000000 0.0000000 6.0000000 0.0000000 0.0000000
IS1 0.000000 0.000000 0.0000000 2.1666667 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.8333333 2.166667 21.166667 16.5000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 11.666667 0.0000000 11.500000 0.3333333 0 0.6666667 0.0000000 1.333333 0.0000000 0.0000000 0 18.333333 0.0000000 0.0000000 9.3333333 0.0000000 0.0000000
IS2 0.000000 0.000000 0.0000000 3.3333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.1666667 0.0000000 1.166667 34.166667 3.3333333 0.000000 0.000000 0.0000000 0.6666667 0.0000000 0.000000 0.0000000 3.166667 0.3333333 16.333333 2.3333333 0 0.0000000 0.0000000 1.500000 0.0000000 0.0000000 0 9.166667 0.0000000 0.0000000 7.1666667 0.0000000 0.0000000
IS3 0.000000 0.000000 0.0000000 0.8333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.1666667 0.0000000 0.000000 36.333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.0000000 26.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 12.500000 0.6666667 8.333333 0.8333333 0 0.0000000 0.0000000 1.666667 0.0000000 0.0000000 0 4.166667 0.0000000 0.0000000 2.6666667 0.0000000 0.0000000
IS4 1.166667 0.000000 0.0000000 3.3333333 0.0000000 0.000000 0.000000 3.666667 0.0000000 1.5000000 0.000000 45.000000 5.5000000 0.000000 0.000000 0.0000000 1.3333333 0.0000000 0.000000 0.0000000 7.666667 0.0000000 33.333333 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0 0.000000 0.0000000 0.0000000 1.5000000 0.0000000 0.0000000
IS5 0.500000 3.333333 0.0000000 0.6666667 0.0000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0000000 3.3333333 0.000000 14.333333 10.5000000 0.000000 0.000000 0.0000000 4.8333333 0.0000000 0.000000 0.0000000 43.333333 0.0000000 3.500000 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0 15.000000 0.0000000 0.0000000 8.6666667 0.0000000 0.0000000
PC1 15.500000 0.000000 3.0000000 0.5000000 0.3333333 34.166667 0.000000 0.000000 0.3333333 0.8333333 2.833333 0.500000 0.0000000 0.500000 0.000000 1.6666667 0.0000000 0.0000000 0.000000 2.5000000 14.333333 7.1666667 14.166667 0.8333333 0 0.0000000 0.6666667 13.333333 1.0000000 0.5000000 0 0.000000 0.0000000 2.1666667 3.5000000 0.0000000 0.1666667
PC2 3.000000 0.000000 0.0000000 2.5000000 7.3333333 28.500000 1.000000 0.000000 0.0000000 7.0000000 0.000000 1.666667 0.0000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 1.3333333 30.833333 5.5000000 7.166667 0.3333333 0 0.0000000 0.0000000 9.333333 0.0000000 0.0000000 0 1.000000 0.1666667 0.0000000 3.1666667 3.1666667 0.3333333
PC3 1.500000 0.000000 2.0000000 4.5000000 0.0000000 2.500000 7.166667 0.000000 1.6666667 0.0000000 0.000000 6.166667 0.8333333 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 0.0000000 45.833333 5.8333333 5.500000 1.6666667 0 0.0000000 0.0000000 25.333333 4.0000000 0.0000000 0 1.333333 0.0000000 3.3333333 1.6666667 0.6666667 0.0000000
PC4 1.666667 0.000000 0.0000000 1.6666667 0.0000000 8.833333 0.000000 0.000000 0.8333333 3.5000000 0.000000 6.333333 0.0000000 0.000000 0.000000 0.0000000 0.1666667 0.0000000 0.000000 5.5000000 11.666667 23.8333333 14.166667 0.0000000 0 0.0000000 1.3333333 39.666667 0.0000000 0.0000000 0 1.333333 0.0000000 0.0000000 3.5000000 0.0000000 0.0000000
PC5 10.833333 0.000000 0.0000000 2.5000000 0.3333333 23.500000 0.000000 7.000000 2.1666667 6.0000000 0.000000 1.666667 2.5000000 13.666667 0.000000 0.0000000 0.6666667 0.0000000 0.000000 4.6666667 27.500000 5.6666667 10.666667 0.6666667 0 0.0000000 0.0000000 9.333333 0.8333333 0.0000000 0 0.000000 0.0000000 0.0000000 2.6666667 4.5000000 6.6666667
PS1 54.111111 0.000000 0.0000000 0.5555556 0.0000000 11.222222 2.222222 0.000000 0.6666667 0.0000000 2.000000 7.222222 0.0000000 1.111111 0.000000 0.4444444 0.8888889 0.8888889 0.000000 0.2222222 4.111111 3.2222222 8.000000 0.1111111 0 0.0000000 0.0000000 12.666667 0.7777778 0.0000000 0 3.000000 0.8888889 1.4444444 2.1111111 0.0000000 0.0000000
PS2 36.666667 0.000000 2.8333333 0.6666667 1.3333333 6.666667 1.833333 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 11.500000 0.0000000 0.000000 0.000000 0.0000000 3.1666667 0.0000000 0.000000 0.3333333 0.000000 5.3333333 6.500000 1.8333333 0 0.0000000 0.3333333 17.166667 0.8333333 0.0000000 0 3.000000 0.0000000 0.8333333 4.5000000 0.8333333 0.0000000
PS3 28.333333 0.000000 0.0000000 0.8333333 0.0000000 18.333333 0.000000 0.000000 0.0000000 1.3333333 0.000000 6.166667 0.3333333 0.000000 0.000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.000000 1.1666667 32.833333 4.5000000 11.166667 1.8333333 0 0.0000000 0.3333333 3.000000 0.0000000 0.0000000 0 3.333333 0.0000000 1.6666667 6.6666667 0.3333333 0.0000000
PS4 19.166667 0.000000 3.3333333 0.5000000 2.5000000 14.166667 2.166667 0.000000 0.0000000 3.3333333 1.000000 10.500000 0.5000000 1.666667 0.000000 0.0000000 1.6666667 0.0000000 1.333333 13.0000000 15.000000 5.6666667 9.166667 1.3333333 2 0.3333333 0.0000000 7.500000 2.5000000 0.3333333 0 2.833333 0.0000000 0.0000000 3.5000000 3.8333333 0.5000000
PS5 32.833333 0.000000 0.8333333 1.3333333 3.0000000 8.000000 0.000000 0.000000 0.5000000 2.1666667 0.000000 7.833333 2.0000000 0.000000 0.000000 0.0000000 1.6666667 0.0000000 0.000000 1.0000000 33.833333 5.8333333 15.500000 0.0000000 0 0.0000000 0.0000000 4.000000 0.1666667 0.0000000 1 5.500000 0.0000000 0.8333333 2.6666667 1.8333333 0.0000000