Идентификаторы монтажной цепи Bio python PDBIO - PullRequest
Новая
       16

Идентификаторы монтажной цепи Bio python PDBIO

0 голосов
/ 13 марта 2020

Я использую Bio.PDB для анализа структур в формате mmCIF и PDB. Я понял, что PDBIO плохо работает с двухсимвольными идентификаторами цепочки (например, «AA» или «AB»), обнаруженными в структурах assembly . Я сделал небольшое изменение в коде, который мне подходит. В приложении вы найдете модифицированный модуль PDBIO. В основном он проверяет длину строки идентификатора цепочки и добавляет пробел перед ней, если это один символ. Строка форматирования изменяется соответствующим образом.

Это мои изменения в модуле Bio.PDB.PDBIO. Пожалуйста, подумайте над тем, чтобы добавить его в будущее обновление.

Изменено:

_ATOM_FORMAT_STRING = "%s%5i %-4s%c%3s%s%4i%c %8.3f%8.3f%8.3f%s%6.2f %4s%2s%2s\n"

Изменено: 

for chain in model.get_list():
    if not select.accept_chain(chain):
        continue
    chain_id = chain.get_id()
    if len(chain_id)==1:                  #Added line
        chain_id = ' {}'.format(chain_id) #Added line

Изменено:

fp.write("TER %5i %3s %s%4i%c \n

1 Ответ

0 голосов
/ 20 марта 2020

Stackoverflow - это сайт, где можно задавать вопросы. То, что вы предлагаете, - это изменение программного обеспечения Bio Python. К счастью, Bio Python имеет открытый исходный код, поэтому вы создаете запрос , чтобы ваши изменения могли быть добавлены в программное обеспечение.

  • Go в https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/PDBIO.py

  • Нажмите на значок стрелки в верхнем правом углу. Это создаст fork хранилища Bio Python

    screenshot

  • Внесите изменения, которые вы упомянутый выше в вашей вилке и заголовок и описание:

    screenshot

  • Нажмите propose file change. Теперь вы можете визуально сравнить ваши модификации бок о бок.

    screenshot

  • Если все выглядит хорошо, нажмите create pull request. Это отправит запрос на извлечение в основную ветку хранилища Bio Python. Там это будет рассмотрено. Если авторы программного обеспечения Bio Python согласятся с тем, что это полезное изменение, они объединят его с программным обеспечением.

    screenshot

...