У меня есть набор данных сообщества по макрофауне, связанной с кораллами, который я пытаюсь проанализировать в веганской упаковке.
Коралловые колонии были получены в 2015 году (для двух видов кораллов на пяти участках), и мы подсчитали виды макрофауны, обнаруженные в каждой колонии. В 2016 и 2017 годах мы повторно посещали одни и те же коралловые колонии для подсчета связанной фауны. Пока что это эксперимент с повторными измерениями (Year / colonyID), но у меня есть две проблемы:
1 - в некоторых из вновь посещенных колоний в 2016 и 2017 годах не было фауны (143 из 686 колоний), что означает у нас ноль выборок (n = 143). Это вызвало проблему в функции adonis для проверки различий.
adonis(F_Mat ~ Species+Site+Year, data = F_Meta, permutations = 9999)
you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method �bray�missing values in results
Я понимаю это сообщение, но я должен учитывать нулевые выборки, поскольку они представляют динамику c Сообщество фауны с течением времени. Я попробовал методы «рев» и «Джаккард», но оба они выдают то же сообщение об ошибке, что и выше.
Я использовал log1p (1+F_Mat ), чтобы заменить нули, чтобы преобразовать мои значения и заменить нули, но это не сработало для вычисления альфа-разнесения; Chaol индекс разнообразия, но работает для функции adonis. Чтобы справиться с этим, я использовал функцию dist.zeroes в пакете BiodiversityR для работы с adonis и использовал матрицу изобилия для альфа-разнесения. Не уверен, что это правильный подход, хотя
2- Некоторые колонии в 2015 году нельзя было найти в более поздние годы (2016 и 2017 годы), и вместо этого мы взяли изображения для новых колоний в 2016 и 2017 годах, у которых не посещали ранее. Таким образом, это не совсем повторная мера, и я думаю, что вместо этого мы должны учитывать идентификатор колонии как случайный эффект, но, насколько мне известно, это невозможно сделать веганам.
Какой-нибудь совет, как проанализировать этот набор данных и устранить мои экспериментальные проблемы? Ваша помощь очень ценится.