Мой метод использует квадратную мини-страницу, которая центрирует ее содержимое:
\begin{figure}
\subfloat[Figure a]{%
\begin{minipage}[c][1\width]{0.5\textwidth}%
\includegraphics[clip,width=1\textwidth]{figurea}%
\end{minipage}}\subfloat[Figure b]{\centering{}%
\begin{minipage}[c][1\width]{0.5\textwidth}%
\begin{center}
\includegraphics[clip,width=0.6\textwidth]{figureb}
\par\end{center}%
\end{minipage}}
\caption{main caption}
\end{figure}
Этот код был сгенерирован LyX, поэтому он немного уродлив.