Да, это возможно. Вам нужно будет извлечь необходимые jar-файлы и нативные библиотеки с сайта java3d. Я вытащил их из демоверсий java3d, но для этого нужно покопаться в файлах дескриптора запуска xml.
Самое сложное, с чем вы столкнетесь, это ссылки на файлы .so / .dll. Обычно это указывается в classpath перед запуском приложения, но поскольку вы не знаете, какую платформу вы используете, до запуска приложения, это ловушка22.
Существует два возможных решения:
1. Загрузите вашу программу с помощью простого класса, который определяет платформу и устанавливает новый jvm (с указанием соответствующих библиотек) для реального приложения.
2. Динамически загружать библиотеки (я никогда не использовал этот метод для нативных реализаций, но я не вижу причин, почему это было бы невозможно).
К сожалению, ни один из методов не является настолько простым.