Извините, у меня нет решения этой проблемы, но оно у меня есть, и у меня недостаточно средств, чтобы комментировать.
Вот тема, описывающая ту же проблему:
http://www.eclipse.org/forums/index.php?t=msg&th=14710&start=0&
«Обходной путь», который я нашел успешным, - это удаление соответствующего дерева (конечно, сначала его резервное копирование) и выполнение «обновления». Мне предлагается воссоздать недостающие файлы, которые также приносят не добавленные файлы из репозитория. Очевидно, это ужасное решение, но оно работает.
Еще один интересный эффект, который стоит отметить, это то, что он односторонний. Другая машина в репо прекрасно справляется с обновлением новых файлов.