Вы путаете сборки и пространства имен. Сборка, такая как System.dll, представляет собой двоичный файл библиотеки, который может содержать типы в нескольких пространствах имен. Пространство имен можно разделить на несколько сборок, и имя сборки не обязательно должно соответствовать пространствам имен.
-r - для ссылок на сборки. Вам не нужно ссылаться на пространства имен.
Учитывая, что большинство классов в этих пространствах имен находятся в mscorlib (на который ссылается по умолчанию) или System.dll, вы, вероятно, просто хотите
gmcs Pages/UserProfile.cs Properties/AssemblyInfo.cs queues.cs watch_editor.cs Class1.cs -define:USE_SQLITE -r:System
Я настоятельно рекомендую вам использовать IDE, например, MonoDevelop. Вы можете просмотреть команды компилятора, которые он генерирует, если вам интересно.