Вы просто включаете оба имени файла в командной строке и гарантируете, что пространства имен совпадают или что пространство имен включенного файла импортируется с помощью оператора using или с помощью полностью определенных ссылок.Тогда командная строка для компиляции выглядит следующим образом:
gmcs mainFile.cs includeFile.cs
Обратите внимание, что командная строка mono предназначена для поддержки точно такого же синтаксиса (с несколькими дополнениями), что и компилятор Microsoft, так что это верно для обоихих.
По сути, это то, что делают файлы проекта и Visual Studio (хотя и проходит через встроенный эквивалент msbuild)