Здесь вы можете найти Руководство по реализации аппаратного ускорения для Silverlight в WEC7.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/jj919286.aspx
(я рекомендую использовать Windows Embedded 7 для Silverlight, если это возможно, Microsoft сделала несколько улучшений по сравнению с wince 6.0 r3)
Кроме того, вы также можете использовать модуль, который обеспечивает ускорение HW из коробки.
Вот видео, которое показывает разницу с включением / отключением ускорения HW:
http://developer.toradex.com/knowledge-base/microsoft-silverlight
Если вы в основном хотите иметь модный трехмерный пользовательский интерфейс, взгляните также на Nvidia UI Composer, который также доступен для Win CE 6.