Проблема в том, что jScrollPane не знает, насколько большим будет текст после того, как cufon произвел его замену ... Поэтому он неправильно вычисляет высоту содержимого. Правильным решением должно быть использование обратного вызова cufon complete для инициализации jScrollPane, но вы говорите, что пытались это сделать, и это не сработало ...
У вас есть страница, показывающая, как она выглядела при использовании обратного вызова cufon? Если это действительно не работает, то это может означать ошибку в одном или другом скрипте ...
Другим решением будет использование параметра autoReinitialise для jScrollPane, например:
http://jscrollpane.kelvinluck.com/auto_reinitialise.html