Выполнение GLM в скрипте Python на Windows 7 64 - PullRequest
Новая
       8

Выполнение GLM в скрипте Python на Windows 7 64

1 голос
/ 26 октября 2010

Я пытаюсь выполнить GLM (Обобщенную линейную модель) несколько раз в скрипте Python (в цикле).

1- Я пытался использовать Stats в функции Scipy glm, но описание совершенно не существует, и ядумаю, что я не использовал его -> сообщение об ошибке 

<code>"ValueError: only ttest_ind implemented".
Я искал в файле stats.py и в _support.py, чтобы найти свой путь без результатов.

2- Я попытался установитьRPY2 (надеюсь, что lgautier или другой прочитает меня) не будет использовать функции с поддержкой R.Но я на Windows 7 64, и, кажется, мне не удалось установить его хорошо.У меня появляется сообщение об ошибке: 

    import rpy2.tests
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\tests.py", line 3, in 
    import rpy2.robjects.tests
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 12, in 
    import rpy2.rinterface as rinterface
  File "C:\Python26\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py", line 22, in 
    "This might be because R.exe is nowhere in your Path.")
RuntimeError: Unable to determine R version from the registery.Calling the command 'R RHOME' does not return anything.
This might be because R.exe is nowhere in your Path.

Как выполнить надежный GLM в python (другие способы? Я пробовал хорошие, но я пропустил ...?)?Как установить RPY (noob / ученик-ученик) на windows 7 64 и связать его с python?

Ответы [ 3 ]

5 голосов
/ 16 декабря 2011

Я не знаю, почему ответы здесь указывают на то, что охват тестами statsmodels для GLM не так хорош Я написал тесты. Модели проверены на соответствие Stata, R и SAS. Они довольно всеобъемлющие. Если вы обнаружите что-то неожиданное или этого не произойдет, сообщите об этом разработчикам.

https://github.com/statsmodels/statsmodels/blob/master/scikits/statsmodels/genmod/tests/test_glm.py

1 голос
/ 27 октября 2010

И вскоре после моего последнего комментария я нахожу это:

http://statsmodels.sourceforge.net/

с его документацией GLM здесь:

http://statsmodels.sourceforge.net/glm.html

Я бы настоятельно рекомендовал сверяться с подгонкой R, чтобы убедиться, что он делает то, что вы думаете.

0 голосов
/ 03 ноября 2010

Я отвечаю на меня:

statsmodels недостаточно разработаны и протестированы для использования, поэтому НЕ ИСПОЛЬЗУЙТЕ STATSMODELS в его текущей версии для выполнения GLM -> rpy2 подходит, но требует сложной установки ( скопируйте в / Pythonxx / Lib / site-packages / папки, извлеченные из rpy2 tar, и получите 'nose' и скопируйте его в то же место)

...