Одним из способов будет создание файлов CGI, которые могут быть вызваны веб-сервером. Посмотрите здесь и здесь .
EDIT:
Я больше думал об этом и думаю, что вы также можете использовать matlab для веб-приложений через python. В частности, mlabwrap даст очень хороший интерфейс для Matlab. mlabwrap очень хорош, я лично использую его для доступа к matlab из python. Таким образом, вы можете создать веб-приложение, используя пилоны Python или django, и получить доступ к matlab через mlabwrap.