Я думаю, что это по крайней мере частично связано и с seo, учитывая, что html (пока) не поддерживает какой-либо элемент списка навигации.
Использование UL (или OL) дает семантическую группировку для вашей навигации, особенно когда у вас есть вложенные навигационные разделы, и говорит, что эта группа ссылок имеет некоторую логическую последовательность и иерархию, по крайней мере, это одна из теорий, которые я прочитал.
Другим положительным моментом, как упомянул Джереми, является то, что когда стили выключены, рендеринг «из коробки» имеет смысл.