Да.
У нас есть проекты, использующие Flex 3 с Spring 2.5 и другой проект, использующий Flex 4 и Spring 2.5.
Единственная причина, по которой проект Flex 4 не использует Spring 3.x, заключается в том, что при запуске проекта у нас не было зависимости от Maven