Да, вы можете. Это не произойдет автоматически (то есть, как если бы IExternalizable был реализован на обоих концах), но нет никаких причин, по которым у вас не может быть, например, статического метода fromBytes
для ваших доменных объектов, который принимает ByteArray
и построить объект из этого.