У меня была такая же проблема. Чтобы исправить это, я зашел в каталог плагинов Eclipse и искал что-нибудь с "svn", "subversion" или "subclipse" в имени файла. Я удалил следующие JAR и повторно запустил Eclipse. Пока все хорошо.
01/19/2011 09:37 AM 8,262 com.smartbear.collaborator.subclipse_6.0.6016.jar
01/19/2011 09:37 AM 19,556 com.smartbear.collaborator.subversive_6.0.6016.jar
01/19/2011 09:37 AM 10,539 com.smartbear.collaborator.ui.subclipse_6.0.6016.jar
01/19/2011 09:37 AM 11,093 com.smartbear.collaborator.ui.subversive_6.0.6016.jar
05/04/2011 11:03 AM 943,141 org.eclipse.team.svn.core_0.7.9.I20110207-1700.jar
05/04/2011 11:04 AM 2,490,582 org.eclipse.team.svn.ui_0.7.9.I20110207-1700.jar
05/04/2011 11:44 AM 82,086 org.tigris.subversion.clientadapter_1.6.12.jar
05/04/2011 11:44 AM 297,927 org.tigris.subversion.subclipse.core_1.6.17.jar
05/04/2011 11:44 AM 1,928,100 org.tigris.subversion.subclipse.ui_1.6.17.jar