Вы можете конвертировать оба PDF-файла в изображения и накладывать один поверх другого слоя, как.
Подходящая графическая библиотека, которую вы можете использовать, будет работать.
Предложение водяных знаков, приведенное выше, также имеет большой потенциал, если вы не столкнетесь с проблемами в выборе языка или библиотеки графики / pdf.