Вы не можете отлаживать их в том смысле, что можете построчно проходить по коду MATLAB, как вы можете с помощью собственного отладчика MATLAB до компиляции.Одним из шагов, которые предпринимают продукты развертывания MATLAB, является шифрование кода MATLAB (чтобы вы могли сохранить свой IP при распространении развернутого компонента).Возможность пошагового выполнения кода в отладчике после развертывания не позволит достичь этой цели.
Как правило, вы хотите отлаживать в MATLAB перед развертыванием или, возможно, распространять некоторые операторы disp вокруг кода таким образомэто можно отключить после развертывания (извините, если этот совет не поможет вам сейчас с файлом .jar).