Получение идентификатора SwissProt от Gene Symbol и наоборот

Question

Я новичок в Bioconductor и пытаюсь найти подходящий пакет, чтобы иметь возможность делать то, что я хочу ... то есть дать идентификатор SwissProt и дать мне символ гена или наоборот.

Есть много пакетов, и я не знаю, какой я хочу, у кого-нибудь есть быстрый ответ?

Answer 1

Один из подходов, который вы можете использовать, - это использовать пакеты с организмом следующим образом:

library(org.Hs.eg.db)

Предположим, мои генные символы такие же, как здесь, в ключах:

keys <- c("A1BG","A2M","A2MP1","NAT1","NAT2","AACP")

Тогда вы можете простоиспользуйте метод select () (это работает для R-2.14 и выше).

select(org.Hs.eg.db, cols=c("SYMBOL", "UNIPROT"), keys= keys, keytype="SYMBOL")

Надеюсь, это поможет!