BLAST Ошибка размещения базы данных - PullRequest
Новая
       7

BLAST Ошибка размещения базы данных

2 голосов
/ 22 сентября 2011

Я задал этот вопрос о биоинформатической версии stackexchange, но, поскольку я считаю, что это проблема с компьютером, я подумал, что должен попытать счастья здесь.

При запуске локальной BLAST (v2.2.24 +) для большой базы данных (все человеческие белки) я получаю следующую ошибку: 

proteinsApplicationError: Command 'blast-2.2.24+/bin/blastp.exe -query "query.fasta" -
db "human-proteins.fasta" -out blastOutput.xml -evalue 0.01 -outfmt 5'       
returned     non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: CSeqDBAtlas::MapMmap: 
While mapping file [human-proteins.fasta.psq] with 5550749 bytes allocated, caught 
exception:'

При поиске в Google я получил только исходный код seqdbatlas: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/ToolBox/CPP_DOC/lxr/source/src/objtools/blast/seqdb_reader/seqdbatlas.cpp, в котором я нашел: 

1214         if (expt.length()) {
1215             // For now, if I can't memory map the file, I'll revert to
1216             // the old way: malloc a chunk of core and copy the data
1217             // into it.
1218             
1219             if (expt.find(": Cannot allocate memory") == expt.npos) {
1220                 expt = string("CSeqDBAtlas::MapMmap: While mapping file [") + 
                 (*m_Fname) + "] with " +
1221                     NStr::UInt8ToString(atlas->GetCurrentAllocationTotal()) +
1222                     " bytes allocated, caught exception:" + expt;
1223                 
1224                 SeqDB_ThrowException(CSeqDBException::eFileErr, expt);
1225             }
1226         }

Мои знания C ++ ограничены, но из этого я понял, что на ПК недостаточно памяти для запуска BLAST при таком размере базы данных. Это правильно, и если да, есть ли способ запустить этот BLAST без компьютера с большей памятью? Если это не правильно, какую ошибку я получаю?

Заранее спасибо, Niek

1 Ответ

1 голос
/ 03 октября 2011

Исправлено: разделение файла запроса на две части и использование blast 2.2.25 вместо 2.2.24

...