R - Предупреждающее сообщение: «В кор (...): стандартное отклонение равно нулю» - PullRequest
Новая
       22

R - Предупреждающее сообщение: «В кор (...): стандартное отклонение равно нулю»

20 голосов
/ 03 февраля 2012

У меня есть один вектор данных потока (29 данных) и данные трехмерной матрицы (360 * 180 * 29)

Я хочу найти корреляцию между одиночным вектором и трехмерным вектором. Матрица корреляции будет иметь размер 360 * 180. 

> str(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA)
 num [1:29] 0.151 0.644 0.996 0.658 1.702 ...
> str(ssta_winter)
 num [1:360, 1:180, 1:29] NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN ...
> summary(ssta_winter)
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max.     NA's 
    -2.8     -0.2      0.1      0.2      0.6      6.0 596849.0

Это выше структура вектора и трехмерной матрицы. 3D-матрица имеет много значений, как NULL. 

> for (i in 1:360) {
+   for(j in 1:180){
+       cor_ScottsCk_SF_SST_JJA[i,j] = cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA,ssta_winter[i,j,]) 
+    }
+ }
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)

Эта часть кода выше является кодом для поиска корреляции. Но это дает Waring как 

> warnings()
Warning messages:
1: In cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA, ssta_winter[i, j,  ... :
  the standard deviation is zero
2: In cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA, ssta_winter[i, j,  ... :
  the standard deviation is zero
3: In cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA, ssta_winter[i, j,  ... :
  the standard deviation is zero
4: In cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA, ssta_winter[i, j,  ... :
  the standard deviation is zero
5: In cor(ScottsCk_flow_1981_2010_JJA, ssta_winter[i, j,  ... :
  the standard deviation is zero

также, результат корреляционной матрицы равен NULL. как это случилось? 

> str(cor_ScottsCk_SF_SST_JJA)
 num [1:360, 1:180] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...

Я использовал точно такой же код BFR с вектором потока 350 и матрицей 360 * 180 * 350. Этот код работает отлично.

Ответы [ 2 ]

18 голосов
/ 03 февраля 2012

Несколько мыслей.

Во-первых, используя apply(), вы можете заменить этот вложенный цикл следующим образом: 

cor_ScottsCk_SF_SST_JJA <- 
    apply(ssta_winter, MARGIN = 1:2, FUN = cor, ScottsCk_flow_1981_2010_JJA)

Во-вторых, кажется, что> 31% (596849/(360*180*29)) точекв ssta_winter есть NaN или (возможно) NA_real_.Учитывая возвращаемое значение корреляции, рассчитанное для векторов, которые содержат даже один NaN, 

cor(c(1:3, NaN), c(1:4))
# [1] NA

маловероятно, что все эти NaN s вызывают заполнение cor_ScottsCk_SF_SST_JJA NA s?

В-третьих, как ясно указывают предупреждающие сообщения, некоторые из векторов, которые вы передаете в cor(), имеют нулевую дисперсию.Они не имеют ничего общего с NaN s: как показано ниже, R не жалуется на стандартные отклонения 0, когда задействованы NaN.(Вполне разумно, поскольку вы не можете рассчитать стандартные отклонения для неопределенных чисел): 

cor(c(NaN, NaN, NaN, NaN), c(1,1,1,1))
# [1] NA

cor(c(1,1,1,1), c(1,2,3,4))
# [1] NA
# Warning message:
# In cor(c(1, 1, 1, 1), c(1, 2, 3, 4)) : the standard deviation is zero
1 голос
/ 15 июля 2018

Следующие использования library("psych")

partial.r(sd,c("GPA","SAT"),"GRADE1",use = "complete.obs")
Warning Message:
 In cor(data, use = use, method = method) : the standard deviation is zero

sd содержит NA для SAT. 

partial.r(subset,c("GPA","SAT"),"GRADE1", use = "complete.obs")
no warnings

в подмножестве удалены NA

...